Система CypCut предлагает различные способы выделения изображений. Основной способ «Click Selection» осуществляется путем нажатия мышкой на изображение. Другой способ - «Box Selection»; при помощи зажатия левой кнопки мыши и перемещения курсора на экране отображается прозрачный прямоугольник, все попавшие в него объекты становятся выделенными.

Существует два варианта способа «Box Selection». При перемещении мышки слева направо, на экране отобразится синий прямоугольник с четкой границей, и выделяться будут только изображения, которые полностью размещаются в прямоугольнике;
при перемещении мышки справа налево, на экране отобразится зеленый прямоугольник с пунктирной границей, и выделяться будут все изображения, полностью или частично находящиеся в пределах прямоугольника.

Ниже схематически показано различие между двумя вариантами способа выделения «Box Selection». На левом изображении показан первый способ (выделены будут только буквы BC), на правом изображении показан второй способ (будут выделены буквы ABCD).

При любом способе выделения («Click Selection» или «Box Selection»), нажатие клавиши «Shift» во время выделение позволит добавить или удалить к выделению изображения без необходимости очистки первоначального выбора.
При нажатии кнопки «Select» появится выпадающее меню, при помощи которого можно выполнить различные действия, включая выбор незамкнутых линий, похожих изображений, внешних и внутренних границ, изображений меньше указанного размера, и т.д.

Так, функция «Select similar curve / Выбор похожей кривой» позволяет выбрать все изображения, похожие друг на друга на чертежной доске. Например, можно выбрать все круги диаметром 5 мм, выделив один круг диаметром 5 мм, и нажав «Select similar curve».